سیدحسن تحصیلات خود را در ۶ سالگی از مکتب‌خانه آغاز کرد و پس از آن به مدارس نوین شهرستان قائن وارد شد و به سبب کسب دانش قبلی، در کلاس دوم نشست و تا کلاس پنجم در محل زادگاهش به تحصیل ادامه داد. در ۱۳۲۶ ش به همراه خانواده به تهران مهاجرت کرد. در تهران ضمن تحصیل تا پایان دورۀ متوسطه، نزد پدر به تحصیل دروس مقدماتی حوزوی مشغول شد و پس از پایان دورۀ متوسطه به شکل جدی‌تر به تحصیل علوم دینی پرداخت و به مدت ۷ سال در مدرسۀ علمیۀ رضائیه دورۀ خارج فقه و اصول را نزد استادانی چون آیت‌الله حاج شیخ محمدتقی آملی، آیت‌الله شیخ محمدحسین ثقفی تهرانی و نیز پدر خود فرا گرفت. او در سن ۳۰ سالگی به درجۀ اجتهاد رسید. [ویرایش]
هم‌زمان به مبارزه علیه رژیم پهلوی نیز پرداخت. او از طرف‌داران آیت‌الله خمینی بود که در جریان پیروزی انقلاب اسلامی، به همراهی گروهی از انقلابیون، کاخ نیاوران را بدون زد و خورد تصرف کرد. [ویرایش]
راهنمایی یا مشاورۀ ۴۰ رساله در مقطع دکتری و قریب ۶۰ رساله در مقطع کارشناسی ارشد در موضوعات مختلف فلسفی، کلامی و قرآنی، و ارائۀ مقالات و سخنرانی در همایشهای داخلی و خارجی، کارنامۀ علمی آیت‌الله مصطفوی را تشکیل می‌دهند. او در زمان نگارش این مقاله (۱۳۸۸ ش) عضو هیئت علمی دانشکدۀ الٰهیات دانشگاه امام صادق (ع) و مدیرِ گروه فلسفه و کلام اسلامی این دانشگاه با پایۀ ۱۹ دانشیاری بود و در حوزۀ علمیۀ قم و مدرسۀ دارالشفاء نیز به تدریس اشتغال داشت. [ویرایش]
